SpaFactor:面向组织学到转录组推断的轻量级空间上下文感知基因程序建模
空间转录组学能够描绘组织结构内的基因表达,但高昂的成本限制了其日常应用。利用常见的HE病理图像预测空间基因表达是一种可扩展的替代方案,但传统方法通常将高维基因输出视为独立目标,忽略了基因间的生物学协同作用,且极易受高维噪声影响而发生过拟合。为此,该研究提出了轻量级模型SpaFactor,旨在摆脱对高开销图网络或复杂辅助组件的依赖,实现高效的空间上下文感知基因程序建模。
推荐理由提出了一种面向组织病理图像推断空间转录组的轻量级模型,兼顾了基因协同关系与计算效率。
原标题:SpaFactor: Lightweight Spatial Context-Aware Gene Program Modeling for Histology-to-Transcriptomics Inference
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